På veien hjemover passerer vi Paleochora, den gamle byen på Aegina. Restene av byen ligger på en høyde ikke langt fra Agia Triada. Aeginerne bosatte seg her allerede i år 896 AD i frykt for barbariske pirater. Byen fungerte som øyas hovedstad de neste tusen årene. Her var det bosetning helt til begynnelsen av 1800-tallet, da den greske revolusjonen frigjorde grekerne fra århundrer med tyrkisk herredømme. Hovedbyen på øya ble på samme tid etablert i havna der Agina by idag er plassert.
Husene i middelalderbyen dekket hele den sørvestlige siden av åsen. Her levde innbyggerne av fiske og handel, samtidig som de kultiverte de små jordflekkene mellom husene. Området hadde god tilgang på vann, og det var derfor gode forhold for dyrking av vindruer, oliven, sitrusfrukter og andre nyttevekster.
Den lille byen huset i tidligere tider et stort antall kirker. Ingen vet helt eksakt hvor mange, men rester av over 70 kirkebygg er lokalisert på det avgrensede området. Over 30 av kirkene er i idag god stand, og tilgjengelig for besøk.
Det var mer enn 800 små hus i byen. De fleste av dem er idag rast sammen. Enkle steinsatte stier slynger seg fortsatt mellom sammenraste hus og kirker på de furukledde åssidene.
Aegina har gjennom alle tider vært utsatt for angrep fra sjøsiden. Piratangrepene var særlig hyppige mellom 900-1200 AD. I 1537 ble øya angrepet, og beleiret av den beryktede piraten Barbarossa og hans menn. Paleochora slapp heller ikke unna, og ble rasert av de tyrkiske piratene.