Nederlands lengste kirkebygg ligger i Gouda. Goudse Sint-Jan, er 123 meter lang og ble opprinnelig bygget til ære byens egen skytsengel, døperen Johannes.
Den opprinnelige kirken reiste seg omkring år 1280. Midt på 1300-tallet fikk kirken et tårn (bare den nedre delen gjenstår). I 1485 ble grunnlaget lagt for dagens kirkekor. I 1552 ble kirken herjet av en stor brann. Den ble gjenoppbygget i årene etter brannen. Nesten femti altere som bylaugene hadde skjenket til tilbedelsen av katolske helgener var tidligere utplassert i kirkeskipet. Kirken har to orgelverk, det eldste ble bygget på 1730-tallet. Klokkespillet i kirketårnet består av femti klokker, den eldste fra 1605.
Kirken er mest kjent for de flotte glassmaleriene. Bildene skildrer bibelske og historiske scener. Det er 72 av dem, og 61 av disse kan dateres til tiårene etter reformasjonen.
Siste halvdel av 1500-tallet ble en begivenhetsrik periode i nederlandsk historie. Nederlandene var på det tidspunktet en del av Habsburgerriket, og ble formelt styrt av spanskekongen Filip II. Utover på 1560-tallet vokste de nederlandske motsetningene mot skatter, politisk sentralisering og religiøs undertrykkelse fra katolikkene i Spania.
På samme tid bredde Martin Luthers lære seg i Nord-Europa. Luther maktet ikke å skape et forrent og samlet trossamfunn. I byer langs Rhinen og i Sveits dannet Huldreich Zwingli på 1520-tallet en rekke menigheter som både sverget til Luther’s lære, men også fravek fra den på flere viktige områder.
I Sveits etablerte den franske protestanten Jean Calvin i 1530-årene en reformert kirke. Calvins lære ble av mange oppfattet som både radikal og ytterliggående. Calvins kirke ble en «kjempende kirke» der disiplin, tukt og moralsk kontroll framsto som sentrale elementer. Calvins følgere, kalvinistene etter hvert bli en betydelig religiøs minoritet i Nederlandene.
Spanske overgrep mot kalvinistene utløste i 1566 den såkalte billedstormingen. Et voldelig opprør hvor katolsk eiendom ble vandalisert av protestantiske minoritetsgrupperinger. Kalvinistene ødela hundrevis av katolske kirker i Nederlandene med relikvier, glassmalerier og annet kirkeinteriør.
Nederlandske kirker som Sint-Jan var med andre ord katolske på denne tiden. Alterene og helgenstatuene i Sint-Jan ble ødelagt eller fjernet, mens glassmaleriene overlevde billedstormingen. Sint-Jan var romersk-katolsk til 1572. Året etter ble praktisering av katolsk tro forbudt og kirken overlatt til de protestantiske kalvinistene. De har fortsatt tilhold i kirken den dag i dag.
Nesten alle de originale bildemalene er intakte. Den historiske utviklingen av opprørene fram mot den Nederlandske frigjøringen fra Spania i 1581 skildres også i glassmaleriene. Her finner vi glassmalerier donert av alle de sentrale aktørene i stridighetene, Filip II, stattholder Vilhelm av Oranien og de Hollandske byene. Glassmaleriene ble opprinnelig tegnet med tegnet med kull eller kritt på ruller med tykt papir. De opprinnelige tegningene er fortsatt intakt, og oppbevares i et hvelv i Sint-Jan. Tegningene brukes i forbindelse med reparasjon av glassene. Glassmaleriene ble av sikkerhetsmessige årsaker demontert og fjernet fra kirken under andre verdenskrig.
På østsiden av kirken ligger Van der Vorm kapellet. Kapellet som henger sammen med hovedbygget ble reist i 1934. Det ble oppkalt etter byggherre og velgjører, skipsrederen Willem van der Vorm. Kapellet ble bygget for å huse syv glassmalerier fra klosterkirken ved Emmausklosteret an Stein, nær Gouda. Da klosteret ble nedlagt på midten av 1500-tallet ble glassene plassert i kirkekoret. Glassmaleriene ble flyttet til Gouda da klosteret ble revet på slutten av 1500-tallet. Erasmus av Rotterdam var selv munk i Emmausklosteret fra 1488-1493. Glassene som skildrer lidelseshistorien ble opprinnelig plassert på sørsiden av kirkekoret. På 1930-tallet klarte eksperter å rekonstruere syv av de opprinnelige glassene.